بازماندگان از مرحوم آيت اللّه شيخ محمّد باقر بيرجندى ، بجز تأليفات پرثمر بسيار ، نسلى صالح و عالم و نامدار به جاى ماند كه تاكنون در شهر بيرجند منشأ خدمات بوده‌اند . از آن جمله فرزند بزرگوار ايشان ، حضرت آيت اللّه حاج شيخ محمّد حسين آيتى بيرجندى ، جانشين پدر در تدريس و تأليف و خدمت به مسلمين بود . وى پس از خواندن ادبيات و سطوح در مشهد ( نزد ملا عبد الجواد اديب نيشابورى ) و اصفهان ( در محضر حاج سيد على نجف آبادى و حاج سيد محمّد نجف آبادى و مير محمّد صادق خاتون آبادى ) به نجف اشرف رفت و در درسهاى فقه و اصول آيات عظام : سيد ابو الحسن اصفهانى ، آقا ضياء الدين عراقى ، شيخ محمّد كاظم شيرازى و ميرزاى اصطهباناتى شركت جست و به مقام اجتهاد نائل آمد و در 1343 ه . ق به زادگاهش بازگشت و به اقامهء جماعت ، تدريس ، تأليف ، پرورش شاگردان و دستگيرى درماندگان و نيازمندان پرداخت . وى در دوران اختناق رضا خانى ، چراغ فروزان علم‌ودانش را روشن نگاه داشت و مجالس سوگوارى و شعائر حسينى را احيا كرد و كتابهاى بسيارى نگاشت ، كه عبارتند از : 1 . شرح كفاية الأصول 2 . ديوان شعر امام حسين عليه السّلام 3 . در الفريد فى ماروى عن السبط الشهيد 4 . بهارستان در تاريخ و تراجم رجال قائنات و قهستان ( چاپ تهران ) 5 . تذكرهء شعراى قهستان 6 . ديوان درّ غلطان 7 . فوائد العقول : در مسائل فقه و اصول 8 . مقامات معنوى ( چاپ تهران ) 9 . مقامات الأبرار : در پنج مجلد